Отдел организации научно-технической деятельности в АПК, под руководством Бондаренко Татьяны Георгиевны (зам. директора института, к.э.н.),  образован в 2006 году и состоит из двух секторов:

1. Сектор реализации результатов научно-технической деятельности;

2. Сектор учета результатов научно-технической деятельности.

Отдел осуществляет свою деятельность по заданию 01.11. «Программы фундаментальных и приоритетных прикладных исследований по научному обеспечению развития АПК РФ на 2006-2010 гг.» - Разработать методические подходы по оценке рыночной стоимости и учета средств производства субъектов АПК, включая интеллектуальную собственность и нематериальные активы.

         Сектор учета результатов научно-технической деятельности, под руководством Писаревой Людмилы Вячеславовны (к.э.н.), осуществляет учет результатов научно-исследовательских, опытно-конструкторских и технологических работ гражданского назначения, полученных институтами системы РАСХН, возложенный постановлением Президиума Россельхозакадемии на Всероссийский научно-исследовательский институт экономики сельского хозяйства.